據日媒報道，中美貿易摩擦的余波容易波及日本的結構正在浮現。中國向美國出口采用日本零部件的完成品的渠道已經固定，可以說這是日本經由中國的間接出口。還有分析認為，不僅是對美國出口，還創造出中國涉足的出口的約2%，按金額計算約為346億美元。如果美國對中國關稅被提高，對日本的影響必將加強。國際貨幣基金組織（IMF）認為，如果美國對價值2670億美元的中國產品征收25%的關稅，而中國也征收相應的報復性關稅，中國的經濟增長率到2020年將被拉低0.9個百分點，美國也將被拉低0.3個百分點。不過，日本被小幅拉高0.01個百分點，歐元區被拉高0.04個百分點。

另一方面，如果依據經合組織（OECD）發布的“附加值貿易”的數據，對日本的影響也將加大。因為OECD的分析考慮到國際分工。據OECD統計，按通關數據和附加值來比較占日本出口額的比例，按通關數據來看，中國為22.1%，高于美國，但從附加值來看，美國為22.2%，反超中國。其原因是日本創造的附加值通過中國的出口轉移到美國的規模巨大。如果中美貿易摩擦激化，日本也有可能遭受打擊。從截至有可比數據的最近的2015年來看，在中國出口的約2萬億美元中，日本創造了1.8%的附加值。按金額計算約為346億美元。其規模相當于貿易統計上的日本年出口額的約5%。按中國出口品類來看，最大是信息通信設備。由華為技術等的4900億美元的出口額中，日本創造了3.3%的附加值。此外，日本在中國紡織和服裝出口中創造0.8%價值，在電氣機械創造2%價值，在一般機械中創造1.6%價值。報道稱，為中國出口作出貢獻的不僅是日本。在中國大陸約2萬億美元的出口中，外國等創造的附加值占19%，達到約3700億美元。相對于日本的1.8%，韓國為2.2%，臺灣占1.7%。美國也創造了2.1%，如果嚴厲打擊中國，有可能對美國自身造成影響。中國經濟在供應鏈上與世界聯系密切。三菱綜合研究所的高級經濟學家森重彰浩表示，如果特朗普總統進一步提高對中國產品關稅，向中國供應零部件的很多國家將受到間接影響。