在公歷年度內(nèi)，根據(jù)中國加入世界貿(mào)易組織貨物貿(mào)易減讓表所承諾的配額量，確定實(shí)施進(jìn)口關(guān)稅配額管理農(nóng)產(chǎn)品的年度市場準(zhǔn)入數(shù)量。屬于關(guān)稅配額內(nèi)進(jìn)口的貨物，按照配額內(nèi)稅率繳納關(guān)稅；屬于關(guān)稅配額外進(jìn)口的貨物，按照配額外稅率繳納關(guān)稅。

商務(wù)部、國家發(fā)展改革委2003年發(fā)布《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額管理暫行辦法》（商務(wù)部、國家發(fā)展和改革委員會令 2003 年第 4 號），第三條規(guī)定：“實(shí)施進(jìn)口關(guān)稅配額管理的農(nóng)產(chǎn)品品種為：小麥（包括其粉、粒，以下簡稱小麥）、玉米（包括其粉、粒，以下簡稱玉米）、大米（包括其粉、粒，以下簡稱大米）、豆油、菜子油、棕櫚油、食糖、棉花、羊毛以及毛條?！?/p>

商務(wù)部發(fā)布2005年第93號公告，自2006年1月1日起，取消豆油、棕櫚油、菜子油進(jìn)口關(guān)稅配額和進(jìn)口國營貿(mào)易管理。

2019年11月30日《商務(wù)部關(guān)于廢止和修改部分規(guī)章的決定》（商務(wù)部令2019年第1號）對《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額管理暫行辦法》進(jìn)行修訂，明確實(shí)行關(guān)稅配額管理的農(nóng)產(chǎn)品有7類：小麥、玉米、大米、食糖、棉花、羊毛、毛條。

2021年5月10日，商務(wù)部發(fā)布《商務(wù)部關(guān)于廢止和修改部分規(guī)章的決定》（商務(wù)部令2021年第2號），未對農(nóng)產(chǎn)品種類作出調(diào)整。

農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額為全球配額。小麥、玉米、大米、棉花、食糖進(jìn)口關(guān)稅配額分為國營貿(mào)易配額和非國營貿(mào)易配額，國營貿(mào)易配額須通過國營貿(mào)易企業(yè)進(jìn)口，非國營貿(mào)易配額通過有貿(mào)易權(quán)的企業(yè)進(jìn)口，有貿(mào)易權(quán)的最終用戶也可自行進(jìn)口。從近幾年國家發(fā)展改革委和商務(wù)部公布的數(shù)據(jù)來看，農(nóng)產(chǎn)品配額總量保持恒定數(shù)值，現(xiàn)將7種農(nóng)產(chǎn)品的關(guān)稅配額總量與2020年進(jìn)口數(shù)量進(jìn)行對比（如下表所示）。

小麥、玉米、大米、棉花進(jìn)口關(guān)稅配額由國家發(fā)展改革委核發(fā)。食糖、羊毛、毛條進(jìn)口關(guān)稅配額則由商務(wù)部核發(fā)。

《中華人民共和國貨物進(jìn)出口管理?xiàng)l例》第十六條規(guī)定，進(jìn)口配額管理部門分配配額時，應(yīng)當(dāng)考慮下列因素：

農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額的分配也是考慮以上因素的。小麥、玉米、大米、食糖按照企業(yè)申請數(shù)量、歷史進(jìn)口實(shí)績和生產(chǎn)加工能力進(jìn)行分配；棉花根據(jù)申請企業(yè)的實(shí)際生產(chǎn)經(jīng)營能力和其他相關(guān)商業(yè)標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行分配；羊毛、毛條實(shí)行憑合同先來先領(lǐng)的方式進(jìn)行分配。 

申請小麥、玉米、大米、棉花關(guān)稅配額需要具備的企業(yè)條件以國家發(fā)展改革委門戶網(wǎng)站每年發(fā)布的公告為準(zhǔn)；申請食糖、羊毛、毛條關(guān)稅配額需要具備的企業(yè)條件以商務(wù)部門戶網(wǎng)站每年發(fā)布的公告為準(zhǔn)。

例如，有資格獲得2021年小麥、玉米、大米進(jìn)口關(guān)稅配額的企業(yè)須首先符合以下條件：2020年10月1日前在市場監(jiān)督管理部門登記注冊；沒有違反《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額管理暫行辦法》的行為。

有資格獲得2021年小麥、玉米、大米進(jìn)口關(guān)稅配額的企業(yè)，還必須符合相應(yīng)品種所列條件之一：

獲得2020年小麥進(jìn)口關(guān)稅配額且有進(jìn)口實(shí)績（接受進(jìn)口關(guān)稅配額企業(yè)委托的代理進(jìn)口不計入受委托企業(yè)的進(jìn)口實(shí)績，下同）的企業(yè)；2019年小麥年加工能力20萬噸以上的面粉和食品生產(chǎn)企業(yè)。

獲得2020年玉米進(jìn)口關(guān)稅配額且有進(jìn)口實(shí)績的企業(yè)；2019年玉米年加工能力20萬噸以上的飼料生產(chǎn)企業(yè)；2019年玉米年加工能力45萬噸以上的其他生產(chǎn)企業(yè)。

獲得2020年大米進(jìn)口關(guān)稅配額且有進(jìn)口實(shí)績的企業(yè)；2019年大米年加工能力10萬噸以上的食品生產(chǎn)企業(yè)。

根據(jù)《國務(wù)院關(guān)稅稅則委員會關(guān)于2021年關(guān)稅調(diào)整方案的通知》，繼續(xù)對小麥等7類農(nóng)產(chǎn)品實(shí)施關(guān)稅配額管理，關(guān)稅配額稅率為1%～15%不等。

在年度棉花關(guān)稅配額數(shù)量內(nèi)的，適用關(guān)稅配額稅率，稅率為1%。

國家發(fā)展改革委每年根據(jù)市場需要確定一定數(shù)量的棉花，適用關(guān)稅配額外暫定稅率（5%～40%），又稱滑準(zhǔn)稅。具體規(guī)定如下：一是當(dāng)進(jìn)口棉花完稅價格高于或等于14元/千克時，按0.280元/千克計征從量稅；二是當(dāng)進(jìn)口棉花完稅價格低于14元/千克時，暫定從價稅率按下式計算：Ri=9.0/Pi+2.69%×Pi-1，其中Ri為暫定從價稅率，Pi為關(guān)稅完稅價格，單位為元/千克。

在關(guān)稅配額數(shù)量和關(guān)稅配額外滑準(zhǔn)稅配額數(shù)量以外的，適用關(guān)稅配額外稅率，目前關(guān)稅稅率為40%。

根據(jù)《中華人民共和國政府和毛里求斯共和國政府自由貿(mào)易協(xié)定》《中華人民共和國政府與新西蘭政府自由貿(mào)易協(xié)定》《中華人民共和國政府與澳大利亞政府自由貿(mào)易協(xié)定》，對毛里求斯食糖、新西蘭羊毛和毛條、澳大利亞羊毛實(shí)行國別關(guān)稅配額政策，在國別關(guān)稅配額內(nèi)適用協(xié)定稅率。

例如，商務(wù)部、海關(guān)總署發(fā)布2020年第70號聯(lián)合公告，2021年羊毛毛條配額總量分別為：新西蘭羊毛36936噸、新西蘭毛條665噸、澳大利亞羊毛38288噸，在國別關(guān)稅配額數(shù)量范圍內(nèi)適用零關(guān)稅。

對加工貿(mào)易進(jìn)口農(nóng)產(chǎn)品需要以“進(jìn)料料件內(nèi)銷”監(jiān)管方式辦理內(nèi)銷手續(xù)，企業(yè)可提交一般貿(mào)易配額證的，按關(guān)稅配額稅率或關(guān)稅配額外暫定優(yōu)惠關(guān)稅稅率計征稅款和緩稅利息；企業(yè)無法提交一般貿(mào)易配額證的，按關(guān)稅配額外稅率計征稅款和緩稅利息。

若企業(yè)走私進(jìn)口關(guān)稅配額農(nóng)產(chǎn)品，緝私部門計算偷逃稅款金額時按照關(guān)稅配額外進(jìn)口適用的稅率計算。

關(guān)稅配額農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口除涉及自動進(jìn)口許可證（代碼7）、入境檢驗(yàn)檢疫（代碼A）等監(jiān)管證件外，還會涉及的特殊監(jiān)管證件如下：

關(guān)稅配額證明，代碼為ｔ，適用于持有《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》進(jìn)口關(guān)稅配額農(nóng)產(chǎn)品的情形，進(jìn)口商品編號為5201000080未梳的棉花除外，以國別關(guān)稅配額證明進(jìn)口除外。

關(guān)稅配額外優(yōu)惠稅率進(jìn)口棉花配額證，代碼為e，適用于商品編號為5201000080未梳的棉花進(jìn)口。

國別關(guān)稅配額證明，代碼為q，適用于持有《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》（備注欄標(biāo)注××國××商品國別配額）進(jìn)口新西蘭和澳大利亞羊毛、新西蘭毛條、毛里求斯食糖的情形。

《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》《農(nóng)產(chǎn)品關(guān)稅配額外優(yōu)惠稅率配額證》適用于一般貿(mào)易、加工貿(mào)易、易貨貿(mào)易、邊境小額貿(mào)易、援助、捐贈等監(jiān)管方式進(jìn)口。

自境外進(jìn)入保稅監(jiān)管場所、海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域的關(guān)稅配額農(nóng)產(chǎn)品，不需要提交配額證，由海關(guān)按現(xiàn)行規(guī)定驗(yàn)放并實(shí)施監(jiān)管。

從保稅監(jiān)管場所、海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域出庫或出區(qū)進(jìn)口的關(guān)稅配額農(nóng)產(chǎn)品，海關(guān)憑《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》按進(jìn)口貨物管理的有關(guān)規(guī)定辦理進(jìn)口手續(xù)。

散裝貨物每批次進(jìn)口溢裝量不得超過該批次的5%。

《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》實(shí)行一證多批制，即最終用戶需分多批進(jìn)口的，憑《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》可多次辦理通關(guān)手續(xù)，海關(guān)通關(guān)部門逐批次登記核扣進(jìn)口或內(nèi)銷數(shù)量。最終用戶完成《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》標(biāo)明配額量的最后一批次進(jìn)口報關(guān)后，于20個工作日內(nèi)將海關(guān)簽章的《農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)口關(guān)稅配額證》第一聯(lián)（收貨人辦理海關(guān)手續(xù)聯(lián)）原件交原發(fā)證機(jī)構(gòu)。

企業(yè)開展棉花加工貿(mào)易進(jìn)口業(yè)務(wù)，必須持注明“本配額證適用加工貿(mào)易方式進(jìn)口”的棉花進(jìn)口關(guān)稅配額證（商品編號為5201000001）和關(guān)稅配額外優(yōu)惠稅率進(jìn)口棉花配額證（商品編號為5201000080）；未注明“本配額證適用加工貿(mào)易方式進(jìn)口”的棉花進(jìn)口關(guān)稅配額證（商品編號為5201000001）及配額外稅率進(jìn)口棉花（商品編號為5201000090）的，不允許開展棉花加工貿(mào)易進(jìn)口。